В случаях, когда возникли налоговые споры или же составляется обжалование решений о том, чтобы привлечь ФНС к ответственности, управляющий фирмы не несет обязанность доказывать свою невиновность. Это бремя ложится уже на налоговую службу, ведь именно это предусмотрено в кодексе о регламентирующих процессуальных отношениях в арбитражном суде.

ФНС будет представлять суду доказательства, в которых будут обсуждаться налоговые споры и вина самого директора фирмы. Но по практике, когда проходит обжалование решения налоговой службы и других споров должна доказываться его правота, например: он должен подтверждать право применять вычеты по НДС, право о возврате по налогу переплаты и другие налоговые споры.

Во время того когда налогоплательщик оформляет обжалование решения налоговой он может сталкиваться с тем, что его будут просить представить в суд (первичные документы), доказательства которые представлены налоговым органам не были в стадии проверки или при подготовке возражений. Также это необходимо предоставить, когда проходит обжалование вынесенного решения и в апелляционном суде.Здесь и возникает двоякая ситуация, с которой, как показала практика, суд, решая налоговые споры, толкует по-разному.

Вначале ФНС может принять решение на основании установления определенных предоставленных фактов или обстоятельств, наличие которых было подтверждено сопутствующими доказательствами. Но затем в рамках полномочий еще до вынесения судебного решения будет у главы фирмы потребована вся интересующая их информация и поясняющие документы. Также будет экспертиза и опросы, и иные методы контроля. Исходя из всей предоставленной информации, делаются соответствующие выводы. Проанализировав все, принимается соответствующие решение.

Но другой стороны, налогоплательщик, не смотря на это, может представить и другие доказательства в суд по делу, те которые ранее он не представлял, и продолжить обжалование решения налоговой.Таким образом, может возникнуть ситуация, когда налоговый спор будет решен в то время когда будет проведена дополнительная налоговая проверка, только исследовав все дополнительные материалы, на их уже основании принимается решение. Но для этого налогоплательщик должен представить в суд помимо первичных другие документы, что были предоставлены в распоряжение налоговых органов.